1.职工基本医疗保险覆盖面较为狭窄
根据国务院的相关决定，应该要建立起城镇职工基本医疗保险制度，城镇所有企业包括国有企业都应该要参加基本医疗保险。可是我国还是有一部分企业还没有能够建立起完善的医疗保险制度，尤其是一些中小民营企业，企业基础设施差、在职员工少，再加上对于国家所推行的基本医疗保险政策还不够重视，一部分企业职工都没有能够纳入到当地的基本医疗保险系统，另外就是下岗失业人员，虽然根据国家相关政策规定，国企的下岗人员能够在当地再就业服务中心领取到最为基本的生活费用，可是失业期间要缴纳医疗保险费用对于这些下岗职工来说还是存在着很大的难度。最后就是存在着个别企业逃避了社会保险的缴纳，与员工进行契约式拒保。
2.医疗保险的体系不够完善
各地医疗保险办理机构都对职工基本医疗保险以及一些重大疾病的医疗补助范围进行了明确规定，并且对于医疗保险的支付比例以及最高支付额度也都有制度上的规定。可是这最高支付限额有时候并不能够满足参保职工重大疾病医药费的需求，对于支付比例的限制也很难满足不同经济效益的企业职工医疗保险的需要。有些效益比较好的企业职工对于医疗保险的支付水平并不是很满足，而有些效益比较差的企业职工又无法承担起较高的医疗保险费用。
3.缺乏强有力的监督机构
由于缺乏强有力的监督机制，职工医疗保险在具体运作过程中就存在着一些重要的问题。一方面，医保定点医院为了获得更高的经济利益而出现故意增加医疗服务项目、胡乱开药检查等等不良行为，导致药品价格的虚高，企业职工看病难。另一方面，医疗保险办理机构对于医疗保险稽查工作不到位，导致有些职工为了能够从医院获得不正当的经济利益，就用冒名住院或者挂床住院的行为来骗取医疗保险金。
