当前，发展总部经济的内外环境更加复杂。一方面，国际政治经济形势发生深刻变革，国际资本流动的速度进一步放缓，部分行业和地区存在资本回流或转移的现象;另一方面，随着我国通过新的《外商投资法》，以及《外商投资准入特别管理措施(负面清单)(2019年版)》的发布，国内掀起新一轮招商引资的热潮，其中总部企业更是招商的重点，各地纷纷出台优惠和奖励政策，区域竞争更加激烈。
南京具有科教、人才等方面优势，高质量发展总部经济必须发挥优势、找准定位，加大政策精准度，持续改善营商环境。
一是进一步加强布局，打造总部经济集聚区。借鉴武汉光谷在全国率先提出“第二总部”的经验，各板块要提出具有自身特色和辨识度的总部招商理念和品牌。在目前江北新区、河西新城和南部新城重点发展产业总部、金融总部和商贸总部的基础上，结合紫东地区的人才、科研优势，打造企业研发总部集聚区，并支持外资研发总部申请和参与国家、省、市各级研发项目。
加快总部载体建设，特别是提升商务办公楼宇的品质，鼓励楼宇开发商打造绿色生态、智能化、人性化的建筑和空间设计，提高楼宇物业精细化管理和服务水平。针对科技型和文化创意型企业总部，选择市区一些旧工业厂房进行改造，建设低密度、独栋式、个性化的商务楼宇。
二是拓展总部经济的发展思路，积极吸引非企业型总部。在当前的总部招商中，国际上的非营利性组织、专业团体、行业协会的总部、区域性分支机构一直没有包含在内。虽然这些总部机构不能或较少带来直接的经济效益，但其影响力和间接的经济效益非常巨大。因此，伴随着南京城市国际化进程的加快，要加大力度，支持南京成为一些著名展会、论坛、研讨会的永久举办地。
三是引进与培育相结合，打造南京本土跨国公司总部。在积极招引市外总部企业的同时，也要眼光向内，加大培育本地企业的力度，根据企业自身发展壮大的需求，引导企业“走出去”，把南京企业发展为全球企业，同时要将企业总部保留在南京，这样既可以促进企业成长，也有利于发挥企业总部的辐射力和影响力。
四是加强组织领导和宣传推介，完善政策支撑体系。建议设立总部经济促进中心，统筹目前分散在发改委和商务局的有关职能。针对不同类型、行业和职能的总部企业，制定差别化、更加精准的支持奖励措施。对于研发总部，突出人才、融资和研发费用方面的政策;对于服务业总部，突出办公场地、租金优惠等方面的政策;对于商贸企业总部，突出融资、结算方面的政策。对总部企业的衡量不单纯以实收资本为标准，也注重考察功能性指标。奖励可由短期或一次性的补贴，转变为长期、与总部贡献度挂钩的方式发放。要在传统招商宣传渠道的基础上，通过星级酒店、机场车站的对外窗口、旅游景点，以及新媒体广泛宣传南京的总部招商政策。
五是优化总部企业的发展环境，促进总部能级的提升。鼓励金融、贸易、广告设计、会展、市场营销、人力资源管理、法律等服务于企业总部的中介机构加快在南京的发展，增强南京高端要素的供给和保障能力。开展总部赋能行动，在经营管理、企业文化等方面提升总部的品质，推动南京总部经济高质量发展。
