近年来，我国超级计算机的应用领域逐渐拓宽，从国家安全、核武器研制、气象预报、石油勘探这样的国家战略领域，拓展到互联网、、人工智能、基因测序、影视制作、金融等领域，惠及各个不同的行业，越来越贴近国民经济生活。例如，由于超级计算机的计算成本越来越低，且测序仪越来越快，基因测序的价格在快速地下降，从过去的每人每次几十万元，到现在的每人每次几千元。
超级计算机日后的发展方向，一方面是争取能够同时支持目前几大类的应用，即在同一个基础架构上，既要支持传统的科学计算，又要支持和人工智能。另一方面是争取更快的计算速度，“神威・太湖之光”的计算速度已经达到了每秒12.5亿亿次，下一步我国超级计算机的目标是每秒百亿亿次，比现在的“神威・太湖之光”还要快7倍。中国科技部计划在2020年左右实现这一目标，这一计划领先于美国、日本和欧洲，所以我国可能会成为最早研制出百亿亿次超级计算机的国家。
如今，我国拥有了世界第一的超级计算机平台，科学家就可以做很多过去做不了的科学研究，例如模拟宇宙大爆炸、研究引力波等，更有利于科学发现和创新。
另外，超级计算机也会促进我国和其他国家的国际科研合作，更多外国科学家会愿意在我国的超级计算机上开展科学研究。
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