东莞升格为地级市，市政协进行相应的调整与改革。1988年6月12日，政协东莞市六届三次会议召开，选举陈矛为主席，刘连科等6人为副主席，何宗为秘书长。本届政协委员共有194名，其中常务委员44名(含正副主席)。
从1991年至2011年，东莞市政协历经五届，郑锦滔、杜奕宽、李汉松、袁李松、刘树基先后担任市政协主席。2012年1月5日至8日，政协东莞市十二届一次会议在东莞召开，462名委员参加会议，选举李毓全为主席，何碧霞等8人为副主席，张月忠为秘书长，选举产生常务委员共75名。
在改革浪潮中助推经济发展
沧海桑田须臾，赤胆衷情尽显。改革开放后，党和国家的工作重心转向“以经济建设为中心”。这一期间，东莞市政协围绕不同时期不同阶段东莞改革发展大局、重点工作，从“一网两区三张牌”“一城三创五争先”，到“经济社会双转型”，再到“加快转型升级、建设幸福东莞、实现高水平崛起”……每一次东莞经济社会发展实现的历史飞跃，都可以看到人民政协的身影。
围绕当时的中心任务，历届东莞政协深入调查研究，积极履行职能，为东莞经济发展出谋划策。在1987年至1991年，政协东莞市第六届委员会组织专题调查17次，视察活动29次，专题研讨会6次，专题座谈会4次，咨询活动2次，举办报告会3次，提出专题报告13件，专题建议11件，综合性材料10件，为市委市政府决策提供有益参考。比如，《关于集体经济发展缓慢的管理区情况的调查报告》得到市政府高度重视。市政府专门组织力量研究探讨、摸清底子，对全市112个集体经济发展缓慢的管理区，决定从地方财政每年贷款2000万元，连续三年利息由市财政承担，帮助发展集体工农业生产项目，改变落后面貌。
时间来到2009年，受国际金融危机的强烈冲击，东莞企业的生存发展遭到严峻考验。为此，东莞市政协积极做好收集社情、沟通政企、提振信心、帮扶企业等工作，在东莞抗击金融危机过程中发挥了特殊的作用。
一方面，市政协正副主席分别率队，深入走访40多家委员企业，鼓励企业家在逆境中求发展。另一方面，为了帮助中小企业渡过难关，先后前往10多个镇(街)进行调研，对308家商会会员企业进行问卷调查，深入了解他们转型升级的情况，以及应对金融危机的做法和措施。
在此期间，市政协还把助推来料加工企业转型作为专题议政课题，由市政协常委会联合市外经贸局等职能部门，深入镇(街)了解情况，提出了关于简化转型企业“双号并存”延期手续办理的建议，得到市政府的认可和采纳。最终市政府决定，来料加工企业“双号并存”延期手续可由属地海关审批，并允许“双号并存”时间适当延长，推动了一批企业加快转型。
同时，针对能源需求日益增长等问题，市政协视察了10多家企业，联合市发改局、经信局、财政局等职能部门召开座谈会，就“推动我市新能源及节能产业发展”课题进行深入调研，为新能源企业、节能企业的发展壮大积极建言谋策。
